A partir de la aparición en junio de 2002 de la Ley de Ciencia y Tecnología (LCYT), se dio una reorganización de los fondos que aplica el CONACYT ligando su aplicación al Programa Especial de Ciencia y Tecnología (PECYT).
En este marco de aplicación de fondos, se contempla otorgamiento de apoyos y financiamientos para actividades directamente vinculadas al desarrollo de la investigación científica y tecnológica: becas y formación de recursos humanos especializados; realización de proyectos específicos de investigación científica y modernización, innovación y desarrollos tecnológicos, divulgación de la ciencia y la tecnología; creación, desarrollo y consolidación de grupos de investigadores o centros de investigación, así como para otorgar estímulos y reconocimientos a investigadores y tecnólogos, en ambos casos, asociados a la evaluación de sus actividades y resultados.
Por ello, se crearon tres clases de fondos: Sectoriales, Mixtos e Institucionales. Los Fondos Sectoriales son fideicomisos que las dependencias y las entidades de la Administración Pública Federal conjuntamente con el CONACYT, pueden constituir para destinar recursos a la investigación científica y al desarrollo tecnológico en el ámbito sectorial correspondiente.
Los Fondos Mixtos son un instrumento de apoyo para el desarrollo científico y tecnológico estatal y municipal, a través de un Fideicomiso constituido con aportaciones del Gobierno del Estado o Municipio y el Gobierno Federal a través del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología.
El Fondo Institucional está encaminado hacia el desarrollo de investigación científica, a la formación de profesionales de alto nivel académico en todos los grados, poniendo énfasis en las áreas estratégicas y dando impulso a campos nuevos, emergentes y rezagados, así como a la consolidación de grupos interdisciplinarios de investigación, competitivos a nivel internacional, que promuevan el desarrollo científico nacional. Están dirigidos a las universidades e instituciones públicas y particulares de educación superior o de investigación: empresas, institutos tecnológicos, y centros de investigación, inscritos o en trámite de inscripción en el Registro Nacional de Instituciones y Empresas Científicas y Tecnológicas, RENIECYT. El fondo institucional tiene tres formas: Fondo Institucional Ciencia, Fondo Institucional de Tecnología y el Fondo Institucional de Formación de Científicos y Tecnólogos [CONACYT, 2006b].
Para tener acceso a los fondos se abren distintas convocatorias anuales en las que se establecen los mecanismos para los concursos de evaluación de solicitudes y proyectos. Los participantes entonces tienen que concursar en el rubro que les corresponde.
Las convocatorias que se abrieron en 2006 fueron: 1) Convocatoria de Investigación Básica SEPCONACYT; 2) Apoyos Complementarios para el Establecimiento de Laboratorios Nacionales de Infraestructura Científica o Desarrollo Tecnológico 2006; 3) Convocatoria para el Apoyo Complementario a Proyectos de Investigación Científica para Investigadores en Proceso de Consolidación; 4) Convocatoria para Presentación de Ideas para la realización de Megaproyectos 2006 de investigación científica o tecnológica 2006; y 5) Programa de Repatriaciones [CONACYT, 2006b].
También existe el programa de Consolidación Institucional que en el rubro de apoyo a proyectos de investigación, financia aquellos proyectos acordes con las líneas del Programa Nacional de Ciencia y Tecnología. La selección de las propuestas se efectúa mediante un proceso de evaluación en donde los mejores proyectos, de acuerdo a la revisión de los expertos y el dictamen del Comité Evaluador, a través de un mecanismo de competencia entre ellos, son apoyados conforme a las bases de una convocatoria anual. La ejecución de los proyectos está normada por el CONACYT y para ello expidió el “Manual para la Administración de los Proyectos de Investigación”, al cual deben sujetarse los beneficiarios de los fondos.
Como se observa, las IES y sus investigadores pueden concursar para obtener apoyos financieros para sus proyectos de investigación, a través del fondo institucional, principalmente. Sin embargo, también pueden obtener recursos indirectamente a través de los fondos sectoriales al trabajar en proyectos vinculados con agencias gubernamentales.
La diversificación de los tipos de fondos, en realidad sólo especializan el proceso de evaluación permitiendo la creación de comités evaluadores específicos para un tipo de concursantes, limitando el tipo de líneas de participación, a las ofrecidas por el CONACYT. Esto permite el ejercicio de un control total sobre las formas de participación, las actividades por apoyar y las áreas del conocimiento que se desean favorecer.
Esto es lo que sucede en cuanto a los recursos que se canalizan para apoyar proyectos de investigación, ahora, veamos qué sucede con los recursos orientados a estimular la actividad de investigación, es decir, la evaluación de los investigadores.
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