Además de la manipulación del precio por agentes con poder de mercado hay otras razones que impiden el funcionamiento de la competencia perfecta. En ocasiones una empresa tiene capacidad para hacer recaer sobre otros parte de los costes de su proceso productivo. Otras veces surgen dificultades para impedir que se beneficie de un bien el que nunca ha pagado por él.

El capítulo de los fallos del mercado aborda problemas que preocupan profundamente a la sociedad moderna: el efecto de los desarrollos tecnológicos sobre el medio ambiente; contaminación; polución; las especies en vías de extinción; el agotamiento de los recursos naturales y las energías fósiles. ¿Es sostenible nuestro modelo de crecimiento? ¿Como medir todos los costes que origina a la sociedad, a corto y a largo plazo?

En el transfondo de estos problemas subyace siempre un componente ideológico: Si la causa de estos fallos es el ejercicio de la libre iniciativa, el libre mercado, el egoísmo del homo oeconomicus racional,  entonces para solucionar estos problemas es necesaria la intervención del estado.

Pero, por otra parte, los bienes comunales, los recursos de propiedad común, también plantean problemas específicos al análisis de la ciencia económica.