Las aguas subterráneas se componen del agua dulce encontrada debajo de la superficie terrestre, normalmente en mantos acuíferos, los cuales abastecen a pozos y manantiales. Son de notable importancia sanitaria, porque constituyen la mayor reserva de agua potable en las regiones habitadas por los seres humanos. Pueden aparecer en la superficie en forma de manantiales, o ser extraída mediante pozos.
Las aguas superficiales se forman de toda el agua expuesta naturalmente a la atmósfera (ríos, lagos, depósitos, estanques, charcos, arroyos, represas, mares, estuarios.) y todos los manantiales, pozos u otros recolectores directamente influenciados por aguas superficiales. Son las que se contaminan con más facilidad, a causa de su mayor exposición a las fuentes habituales de contaminación.
Principales fuentes de contaminación de las aguas superficiales y subterráneas:
- Aguas residuales de origen industrial que constituyen la principal fuente de contaminación de las aguas.
- Aguas albañales procedentes de la actividad humana.
- Productos químicos procedentes de la actividad agropecuaria, los cuales son arrastrados por las aguas, entre ellos: plaguicidas, fertilizantes, desechos de animales.
-Residuos provenientes de la industria y de las actividades domésticas.
-Fenómenos naturales causados por la erosión, escorrentía y transporte provocados por la lluvia, tala de árboles.